Natanaël, 6 ans, est très déçu d'hériter de la bibliothèque contenant des centaines de livres de sa tante Eléonore ! Pourtant chacun de ces contes va livrer un merveilleux secret : à la nuit tombée, les petits héros, la délicieuse Alice, la méchante fée Carabosse, le terrible capitaine Crochet, sortent des livres et préviennent Natanaël qu'ils risquent de disparaître à jamais. Pour sauver ses minuscules amis et leurs histoires, Natanaël, rétréci par la Fée Carabosse, se lance dans l'aventure !